计算机工程

作者：毋东, 魏亚伟, 罗军伟, 敖山

单位：河南理工大学 计算机科学与技术学院, 河南 焦作 454000

关键词：gap填充,序列组装,第三代测序技术,多序列比对,长读数

基金：国家自然科学基金面上项目（61972134）；国家自然科学基金青年科学基金项目（61602156）。

间隙（gap）填充方法有助于获取更加完整和准确的基因组序列，可以促进基因表达与调控、结构变异分析和物种进化的研究。虽然已有较多填充gap的方法被提出，但是填充的准确性和完整性仍有待提高。设计一种基于长读数和多序列比对的gap填充方法GapLM。将包含gap的序列集合切割成不含gap的序列集合，基于长读数和序列之间比对位置的差异对结果进行修正。通过分析比对确定覆盖每个gap区域的左侧、右侧和跨过3个序列集合。针对1个gap和其相关联的3个序列集合，采用多序列比对方法分别对3个集合中的序列进行处理和融合，并生成一致序列对gap区域进行填充。将GapLM与GMcloser、PBjelly、LR_Gapcloser 3种填充方法在2个真实数据集上进行比较，实验结果表明，GapLM具有更加完整和准确的填充结果。

来源：2021年第11期

《计算机工程》期刊编辑部

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